Ahmed Yüksel Özemre’nin doğum tarihi nüfus cüzdanında 25 Mayıs 1935 gösterilse de kendisi bu tarihi 3 Nisan 1935 olarak anlatmaktadır. Üsküdar’da dünyaya gelmiştir. Türkiye’nin ilk atom mühendisi olmakla beraber ülkenin önemli yazarlarından biridir. Fransızca, İngilizce, İtalyanca, Almanca ve İspanyolca bilmektedir. Çocukluğunu ve gençliğini Üsküdar’da geçiren yazar, Üsküdar’a karşı öyle büyük bir sevgiye sahiptir ki bütün eserlerinde ondan bir parça işler.
Üsküdar Ayazma ilkokulundan 1946’da mezun olduktan sonra Mekteb-i Sultani (Galatasaray Lisesi)’de eğitime başladı. Ortaokul döneminde bile kitaplara ve ilme olan sevgisi sıradan bir öğrenciden çok daha fazlaydı. Ayrıca ortaokuldayken spora da merak salmıştı ve her gün koşuyordu. Son sınıfta iken Galatasaray Kulübüne gitmiş olmasına rağmen kulübe alınmadı fakat bu, Ahmed Yüksel’i daha da hırslandırdı. Böylece Beşiktaş Kulübüne gitti ve orada atletizm çalışmalarına başladı. Beşiktaş formasıyla girdiği ilk müsabakada 4.kategori tetratlon dalında Türkiye rekoru elde etti. Sonraki yıllarda da dekatlon, engelli koşu, yüksek atlama gibi diğer dallarda da şampiyonluklar elde etti. Ailesinin maddi durumunun pek iyi olmamasına rağmen oğlunu en iyi okullarda okutmak isteyen annesi Pâkize Hanım ve babası Hafız Mahmut Nurullah Bey’in imkânlarının kısıtlı olmasından dolayı Galatasaray Lisesinde yatılı olarak devam etti. Lise zamanında okul dışı etkinlik olarak harçlıklarından biriktirdiği parayla matematik ve fizik kitapları alıyor ve zamanını onlarla geçiriyordu. 12. sınıfta birçok arkadaşı gibi o da fen bölümünü seçti ve orada kalmaya devam eden sayılı öğrencilerden oldu. 1954’te lise bitirme sınavlarında kendi seviyesi üstünde sorular sorulmasına rağmen okul dışı yaptığı etkinlikler sayesinde sınavı başarıyla geçti ve liseyi ikincilikle bitirdi. Üniversiteyi Fransa’da ya da Almanya’da okumak istemesine rağmen okuldan burs verilmedi ve maddi durumu da el vermediği için bu isteğini biraz daha ertelemek zorunda kaldı. İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Matematik-Fizik Bölümüne kayıt oldu. 1957 yılında mezun olmasına rağmen bazı değişikliklerden dolayı diplomasını 1958’de alabildi.
24 Mayıs 1957’de üniversiteden arkadaşı Kâmuran Hanım ile evlendi. Kâmuran Hanım Fransa’dan aldığı burs ile doktorasını hazırlamak için Paris yakınlarındaki Meudon Rasathânesine gidecekti. O sıralarda da Küçükçekmece Gölü’nün kıyısına bir nükleer araştırma merkezi kurulma planları yapılıyordu. Araştırmacı olarak Fransa’da atom mühendisi olarak yetiştirilmek üzere burs verecekleri biri aranıyordu. Girdiği müracaattan sonra Fransa’ya gitmeye hak kazandı. O yıl eğitime hak kazanan 14 yabancı öğrenciden biri oldu ve 14 Ekim 1957’de Fransa’ya gitti. Fransa Nükleer Bilimler ve Teknoloji Millî Enstitüsünde eğitimini 56. olarak tamamladı ve Türkiye’nin ilk atom mühendisi oldu.
1958’in Mart ayında ilk kızı dünyaya geldi. Kızının ismini hocası Fezâ Bey’in hatırasına Fezâ koydu. Eşi de kendisi de çalıştıkları için annesi Pâkize Hanım onlara yardıma gelmişti. Fezâ’ya çoğunlukla babaannesi bakıyordu. Fransa’da çok zor zamanlar geçiriyorlardı. Hatta bir dönem Ahmed Yüksel ekonomik sıkıntılar çektiği ve hiç meyve yiyemediği için C vitamini eksikliğinden iskorbüt hastalığına yakalanmıştı. 31 Temmuz 1958 yılında İstanbul’a geri döndüler.
1969 yılında profesör unvanını kazandıktan sonra on bir yıl İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Teorik Kürsü profesörlüğü ve Matematik Fizik Anabilim Dalı Başkanlığı yaptı. Ayrıca TÜBİTAK bilim kurulu üyesi, TAEK Başkanı, Enerji ve Doğal Kaynaklar Bakanlığı Danışmanı, Nükleer Santral Proje Koordinatörü gibi görevlerde çalıştı. 3 Mart 1984 yılında kendi isteğiyle emekliye ayrıldı. 1993 yılında GESİAD tarafından “Türkiye’de Yılın İlim Adamı”; “Üsküdar’da Bir Attar Dükkânı” eseriyle Türkiye Yazarlar Birliği tarafından “Yılın Sanatçısı”, 1998 yılında Türkiye Çeviri Dalında “Yılın Sanatçısı” gibi ödüllere layık görüldü. Pozitif, sosyal ve dinî ilimler konularında yaklaşık 400 makale ve raporu bulunmaktadır. Hâlâ üniversitelerde okutulan ve defalarca yeniden basılan 12 ciltlik eseri ve 40 adet genel kültür eseri bulunmaktadır.
25 Haziran 2008 yılında Üsküdar’da vefat eden yazar Karacaahmet Mezarlığı’ndaki aile kabristanına defnedildi.
